С декабря 2020 года вне рамок клинических испытаний началась вакцинация «ЭпиВакКороной» — препаратом, разработанным предприятием ГНЦ «Вектор» [1], — а в феврале планируется массовая вакцинация [2]. Сообщается, что у препарата 100-процентная иммунологическая эффективность [3]. Что это значит? Независимым экспертам или врачам про эту вакцину известно мало. Научных публикаций нет никаких. Вместо заявленной 100-процентной эффективности мы пока что имеем большую научную непрозрачность.
Итак, по порядку: что мы все-таки знаем? Роспотребнадзор сообщает [4]: «Вакцина представляет собой химически синтезированные пептидные антигены трех фрагментов S-белка вируса SARS-CoV-2, конъюгированные с белком-носителем и адсорбированные на алюминий-содержащем адъюванте».
S-белок — это шиповидный белок, он же спайк (spike-protein; в разных текстах его называют по-разному). Пептид — это фрагмент белка. В существующем патенте [5] описано семь пептидов шиповидного белка и несколько возможных белков-носителей. В интервью для СМИ разработчики сообщают, что в качестве носителя в вакцинной разработке используется вирусный нуклеокапсидный белок, продукт экспрессии в кишечной палочке [6]. Полный список пептидов шиповидного белка, их координаты, а также названия доменов и субъединиц, в которых они находятся, приведен в таблице ниже.
| ID | Координаты в белке | Аминокислотная последовательность | Домен | Название домена | Субъединица |
| NO: 1 | 34-53 | RGVYYPDKVFRSSVLHSTQD | NTD | N-концевой | S1 |
| NO: 2 | 166-187 | CTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFK | NTD | ||
| NO: 3 | 403-428 | RGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDD | RBD | Рецептор, связывающий домен | |
| NO: 4 | 454-477 | RLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS | RBD | ||
| NO: 5 | 626-644 | DQLTPTWRVYSTGSNVFQTR | SD1 | Субдомен 1 | |
| NO: 6 | 1189-1209 | KNLNESLIDLQELGKYEQYIK | HR2 | Гепта-повтор 2 | S2 |
| NO: 7 | 1179-1209 | KEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK | HR2 | Гепта-повтор 2 |
Какие три пептида из списка вошли в разработку «ЭпиВакКороны», неизвестно. Как сообщают РИА Новости, цитируя разработчиков, «вакцинные пептиды содержат прежде всего В-клеточные эпитопы, основным источником Т-клеточных эпитопов служит нуклеокапсидный белок» [6].
Что это значит? Попробуем разобраться. Прежде всего стоит объяснить, что эпитоп (он же антигенная детерминанта) — это часть макромолекулы (в нашем случае — вирусного белка или белка из вакцинного материала), которая распознаётся иммунными клетками. То есть это как раз то, что видит иммунная система, и то, что ей помогает понять, какие «приметы» можно различить у «чужеродного агента» (вируса). Не все части макромолекулы «видны» иммунной системе — к каким-то частям макромолекул она «слепа». С этим связана трудность создания пептидных вакцин: пептиды, используемые в качестве антигенных детерминант, не должны располагаться в областях вирусного белка, невидимых иммунному надзору.
Вирус SARS-CoV-2 устроен так, что нейтрализовать его могут только антитела к шиповидному белку. Антитела к нуклеокапсидному белку этого сделать не могут: этот белок находится внутри вирусной частицы, и антитела не могут с ним провзаимодействовать [7]; следовательно, он недоступен для антител в интактном вирусе. Тем не менее нуклеокапсидный белок в качестве антигена (чужеродного вещества) может помочь иммунному ответу (см. ниже). Рис. 1 схематично показывает состав вакцины «ЭпиВакКорона».
Таким образом, первостепенная задача пептидов шиповидного белка из вакцины «ЭпиВакКорона» — стимулировать выработку антител, способных опознать вирус и не дать ему заразить клетку; то есть в пептидах должны находиться видимые для иммунной системы «приметы врага» (вируса) — вирусные антигенные детерминанты. Другие разработчики вакцин решают эту проблему, используя полноразмерный шиповидный белок как антиген: в нем гораздо больше антигенных детерминант [8].
Многочисленные экспериментальные работы [9, 10, 11, 12] показывают, что только небольшая часть пептидов из вирусного шиповидного белка видна иммунной системе человека и может вызывать образование нейтрализующих антител. Эти области белка тщательно откартированы.
В интервью СМИ разработчики сообщают, что пептиды «ЭпиВакКороны» содержат В-клеточные эпитопы [6, 13]. Однако вышеописанные работы показывают, что шесть пептидов, описанных в патенте, расположены во фрагментах шиповидного белка, которые практически невидимы для иммунной системы человека, не могут являться В-клеточными эпитопами и не могут провоцировать производство нейтрализующих антител.
Поэтому к разработчикам вакцины возникают следующие вопросы: у какого процента людей каждый конкретный пептид из вакцины «Вектора» вызывает производство не просто антител, а именно нейтрализующих антител? У какого процента волонтеров, участников первой и второй фаз испытаний, возникают нейтрализующие антитела к каждому конкретному пептиду или хотя бы к одному из набора? Все ли пептиды из трех способны провоцировать выработку нейтрализующих антител? Проводились ли такие исследования по индивидуальным пептидам у людей, а не у кроликов? Нет ли среди трех пептидов, выбранных для производства вакцины, таких, которые представляют собой балласт и не работают ни у одного человека?
Согласно данным экспериментов, описанным в патенте [5], иммуногенность каждого отдельного пептида проверялась при иммунизации кроликов конъюгатом индивидуального пептида с белком-носителем. Однако в настоящий момент уже показано, что то, что в вирусном шиповидном белке лучше видно иммунной системе кролика [14], почти не видно иммунной системе человека [9, 10, 11, 12].
На вирусные белки в организме человека вырабатывается масса разных антител, однако лишь небольшая их часть способна нейтрализовать вирус. В то же время некоторые ненейтрализующие антитела всё же полезны в борьбе с инфекцией. Есть разные механизмы их вовлечения в процесс элиминации как вирусов, так и зараженных ими клеток из организма. Тем не менее именно способность вакцины вызывать производство нейтрализующих антител часто используется как первый (хотя и грубый) критерий оценки ее эффективности. Поэтому хотелось бы знать, каковы титры антител на шиповидный белок у добровольцев — участников клинических испытаний. Пока что эти участники жалуются на отсутствие или на очень маленький титр выявляемых антител (см. ниже).
Стоит заметить, что у вируса SARS-CoV-2, как и у многих других вирусов, есть способ защиты от антител — он заключается в использовании гликанового щита, т. е. молекул полисахаридов, присоединенных к шиповидному белку. Такое присоединение называется гликозилированием: антителам трудно подобраться к участкам белка с присоединенными полисахаридами — их просто не пускает гликановый щит. Хочется заметить, что три пептида из описанных в патенте попадают в «опасную зону» гликозилирования [15]. Так, в белке гликозилируется 165-я аминокислота, а пептид ID NO: 2 начинается со 166-й аминокислоты — это рядом! Кроме того, в шиповидном белке гликозилируется 1194-я аминокислота, которая находится прямо в середине пептидов ID NO: 6 и ID NO: 7. Иными словами, даже если пептиды ID NO: 2, ID NO: 6, ID NO: 7 и спровоцируют выработку антител, то эти антитела, скорее всего, «упрутся» в гликановый щит, при этом они вряд ли смогут нейтрализовать вирус или причинить ему вред другим путем.
Кроме пептидов шиповидного белка, в «ЭпиВакКорону» входит химера вирусного нуклеокапсидного и бактериального белка, связывающего сахар мальтозу. По замыслу разработчиков такой химерный белок должен провоцировать Т-клеточный ответ. Действительно, из литературы [16] известно, что вирусный нуклеокапсидный белок способен стимулировать образование Т-лимфоцитов, распознающих в нем многие эпитопы.
Разработчики заявляют: «Через 5–6 недель после вакцинации у большей части добровольцев, привитых вакциной… наблюдалась индукция выраженного специфического Т-клеточного иммунного ответа, что было обнаружено при анализе клеток крови добровольцев при стимуляции вирусными антигенами в экспериментах ex vivo». Будем надеяться, что разработчики не ограничатся заявлениями, а опубликуют соответствующие наблюдения.
Теперь посмотрим, что происходит с преклиническими и клиническими исследованиями. Краткая схема, суммирующая информацию о сроках проведения этих исследований, показана на рис. 2.
Увы, тут можно только посетовать: вакцина уже введена в гражданский оборот, а публикаций нет никаких, первая и вторая фазы испытаний не закончены. В настоящее время идет третья фаза испытаний, планируется участие трех тысяч человек. При этом трудно представить, как на такой небольшой выборке можно будет оценить протективность вакцины, а именно разницу в заболеваемости между теми, кто получил прививку, и теми, кто получил плацебо.
Увы, маленький размер группы добровольцев — это только одна из проблем третьей фазы испытаний «ЭпиВакКороны». Есть и другие. Добровольцы — участники испытаний объединились в группу [17] и написали коллективное открытое письмо, адресованное Минздраву, Роспотребнадзору и другим ведомствам [18]. Я цитирую: «Мы самостоятельно и за свой счет проверяем у себя уровень антител, однако все полученные результаты ниже референсного значения. „Вектор“ утверждает, что определить нужные антитела можно только их тест-системой, но держит ее в тайне. В такой ситуации возникают сомнения в эффективности вакцины у многих участников исследования и у тех, кто уже успел получить вакцину в рамках гражданской вакцинации. 33% от числа документально подтвердивших свое участие в исследовании сдали такие тесты, и у всех получены отрицательные анализы на антитела (против коронавируса)».
На это письмо уже был получен ответ [19], в котором к использованию рекомендуются тест-системы для иммуноферментного выявления антител к белкам коронавируса SARS-CoV-2 [20]. В письме также говорится: «…проведение… клинических исследований в условиях получения рядом вакцинных препаратов разрешения на применение в Российской Федерации в рамках гражданского оборота создает сложную этическую и научную проблему продолжения контролируемых слепых рандомизированных исследований».
С вышеизложенными утверждениями в ответе Роспотребнадзора трудно не согласиться. У «ЭпиВакКороны» на пути к тому, чтобы стать высококачественным препаратом, хорошо защищающим от вирусной инфекции и вызывающим доверие у специалистов, много серьезных препятствий и проблем, требующих нетривиальных решений. Всё же хотелось бы надеяться, что соответствующая вакцинная разработка станет прозрачнее для общественной и научной экспертизы, а разработчикам удастся в ближайшее время не только опубликовать результаты своих наработок, но и найти надежный способ оценки протективной эффективности этой вакцины против COVID-19 у людей.
Ольга Матвеева,
молекулярный биолог
Благодарность
Автор выражает глубокую благодарность кандидатам биологических наук Елене Кудрявцевой и Алексею Вольфсону за внимательное прочтение текста и конструктивную критику.
- Третьякова Е. А. В Ростовской области началась вакцинация «ЭпиВакКороной» // Официальный портал Правительства Ростовской области. 25 декабря 2020 года.
- Масштабное производство вакцины центра «Вектор» начнется с февраля // Интерфакс. 18 января 2021 года.
- В Роспотребнадзоре заявили о 100%-ной иммунологической эффективности «Эпиваккороны» // ТАСС. 19 января 2021 года.
- ТОП-20 вопросов о вакцине ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» // Роспотребнадзор. 27 января 2021 года.
- Рыжиков А. Б. и др. Патент RU-2738081. Пептидные иммуногены и вакцинная композиция против коронавирусной инфекции COVID-19 с использованием пептидных иммуногенов. Дата регистрации: 7 декабря 2020 года.
- Что ждать от «ЭпиВакКороны». Все о пептидной вакцине против COVID-19 // РИА-новости. 22 января 2021 года.
- Poland G. A et al. SARS-CoV-2 immunity: review and applications to phase 3 vaccine candidates // The Lancet. 2020. V. 396. P. 1595–1606.
- Barnes C. O. SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies // Nature. 2020. V. 588. P. 682–687.
- Zhigang Yi et al. Functional mapping of B-cell linear epitopes of SARS-CoV-2 in COVID-19 convalescent population // Emerging Microbes and Infections. 2020. P. 1988–1996.
- Chek M. P. et al. Two linear epitopes on the SARS-CoV-2 spike protein that elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Nat Commun. 2020. 11.
- Yang Li et al. Linear epitopes of SARS-CoV-2 spike protein elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Cell Mol. Immunol. 2020. P. 1–3.
- Farrera-Soler L. Identification of immunodominant linear epitopes from SARS-CoV-2 patient plasma // PLOS One. 2020. 15(9): e0238089.
- Пичугина Т. Что ждать от «ЭпиВакКороны» // Sputnik-news. 22 января 2021 года.
- Ravichandran S. et al. Antibody signature induced by SARS-CoV-2 spike protein immunogens in rabbits // Science Translational Medicine. 2020. V. 12. Iss. 550, eabc3539.
- Watanabe Y. et al. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike // Science. 2020. V. 369. Iss. 6501. P. 330–333.
- Le Bert N. et al. SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls // Nature. 2020. 584. P. 457–462.
- Неофициальная гражданская группа по вакцинации от COVID-19 «ЭпиВакКороной» в «Телеграме» t.me/epivakorona, epivakorona.com/
- Разрешение этической дилеммы плацебников «Вектора»: открытое письмо в Роспотребнадзор. 18 января 2021 года.
- Роспотребнадзор открыт к диалогу с участниками клинических испытаний вакцины «ЭпиВакКорона». 19 января 2021 года.
- Центр молекулярной диагностики ЦНИИ эпидемиологии открывает тестирование на поствакцинальный иммунитет // Роспотребнадзор. 19 января 2021 года.
(18 оценок, среднее: 4,28 из 5)
Загрузка...
Опубликован ПРОТОКОЛ
встречи активистов закрытого сообщества в «Телеграмме» с представителями Роспотребнадзора и научного центра «Вектор» https://epivakorona.com/protokol.vstrechi02022021.htm?fbclid=IwAR15lXq0d45qNU-rI8C71DiZVyqntcd-jPFq1LqjN82pfvwcObb68k2f2QI
Спасибо.
Носит конфиденциальный характер?
Л.К.
Нет
Прошу исправить ошибку на рис. 2. Третья фаза клинических исследований включает людей не 18-60, а старше 18. По моим личным наблюдениям, до трети участников этого клинического исследования — лица старше 60 лет. Есть и старше 80 лет.
Мы цитируем Вектор и РИА Новости. Мы не имеем права править цитату, даже если сами авторы ошиблись.
Я буду использовать эту статью на научном семинаре для экономистов. Одним из наших типичных заданий является сравнение нескольких научных публикаций на предмет их качества и достоверности. Сравнение идет по внешним признакам и содержанию с позиций читателя, мало понимающего в узкой теме статьи. Но вынужденного работать с источниками по теме за пределами его узкой компетенции. Для сравнения будет дана разрекламированная статья в журнале Lancet, которая по своему объему, стилю и набору источников похожа на типичную мусорную публикацию из скопусовских исключенцев. Lancet — это пресловутый Q1.
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00191-4/fulltext
Интересные семинары для экономистов.
Хорошая статья в Ланцете и что Вам не нравится?
Мне ваша статья, Ольга, показалась более доказательной, чем статья в Лансет, поскольку в вашей статье больше узких (непонятных) терминов и более качественная подборка ссылок. Я вроде ДЭН, но все равно в экономике не понимаю всех тонкостей, вынужден вырабатывать косвенные признаки фильтрации статей, чтобы не читать тонны макулатуры.
В экономике мусорными считаются научные публикации в виде микро статьи на две странички, со ссылкой и перефразированием пресс-релизов, со ссылками на публикации многолетней давности далековато от темы, без деталей статистики в виде приложений или ссылок на эти детали. Мусорными были объявлены тысячи подобных публикаций, а скопусовскими исключенцами стали даже несколько журналов Q2. Статья типа обсуждаемой с Лансета в приличном экономическом журнале, не топовом, не пройдет и первичный фильтр секретаря на разборе электронной почты журнала просто по формальным признакам.
Хотя меня никак не устраивает ажиотаж ВВС вокруг этой темы https://www.bbc.com/russian/features-55900813
> Мне ваша статья, Ольга, показалась более доказательной, чем статья в Лансет, поскольку в вашей статье больше узких (непонятных) терминов и более качественная подборка ссылок.
даблфейспалм.жпг
Про корчеватель почитайте.
Странно, что «заминусовли» статью. Кто-то после моей «5» поставил «2» и даже «1».
Поэтому хочу поблагодарить автора и в комментарии за взвешенный разбор имеющейся информации.
Спасибо!
Хочу прокомментировать вот это место:
« В настоящее время идет третья фаза испытаний, планируется участие трех тысяч человек. При этом трудно представить, как на такой небольшой выборке можно будет оценить протективность вакцины, а именно разницу в заболеваемости между теми, кто получил прививку, и теми, кто получил плацебо.»
Статистически значимая оценка эффективности вакцины описывается доверительными интервалами (наиболее часто применяется 95% ДИ).
3000 это общее число участников. При равном разбиении на группу получим 1500 в каждой группе. Судя по испытаниям других вакцин, заболевших в группе плацебо будет пару десятков, а, учитывая спад заболеваемости, даже меньше. Для статистики мало. Если разбиение на группы не равное (как у Спутника), то ситуация для оценки еще хуже.
Вы думаете, другие производители вакцин выкидывали деньги на испытания с десятками (до 45) тысяч участников просто так?
Я думаю, что в начале гонки было важно выйти на регистрацию как можно раньше, желательно первым. Отсюда и такие большие группы.
Именно, что делает — даже при высокой эффективности вакцины, может оказаться, что в маленькой плацебо-группе заболевших нет или меньше ожидаемого — чем меньше группа, тем больше может быть отклонение от среднего по популяции. Впрочем, и переоценка эффективности тоже может произойти.
«Вряд ли доберется » совсем не домыслы — посмотрите сколько было случаев группах в 10-15 раз больше.
Увеличение размера группы увеличивает время рекрутирования, т.е. вполне может замедлить, а не ускорить исследование.
Нет, не делает.
Видите ли, ещё с тех времен, когда разработчиков СпутникV ругали за отчет по 20 случаям (кстати, зря ругали), я сделал «калькулятор ДИ». И посмотрел, как на границы ДИ влияют разные параметры: точечная оценка эффективности, размеры групп, пропорции групп, количество случаев и т.д.
Поэтому мои утверждения основаны на численных экспериментах, а Ваши исключительно умозрительны.
Ольга Матвеева это американский учёный ? Да или нет? Она выступает на голосамерики? Да или нет?ранее она писала тоже самое про вакцину от Гамалеи?
> Да или нет?
Это ложная дихотомия. Есть ещё ответ «неважно».
Микробиолог и вирусолог одно и тоже?, чувствую себя чайником на уши еще что то натягивают.если она микробиолог,какой ,откуда,кто её знает,пусть бодается со своими коллегами,где коментарии коллег?.не могу судить….но в лабораториях и в вирусных центрах работают люди создавшие эти вакцины имеют профильное образование,
Я не микробиолог и не вирусолог. Я молекулярный биолог. В этом году у меня вышла статья про вакцины против коронавирусов в соавторстве с очень известными вирусологами в России.
Про вакцину Гамалеи я говорила, что прежде чем ее массово применять ее нужно проверить в третьей фазе клинических испытаний. Что и было сделано. Вакцина была проверена и показала себя как хорошая вакцина эффективная вакцина. У меня к ней претензий нет.
Узко специализировснные темы трудно раскрывать общественности,тем более делать общественную экспертизу.Специльное образование ,узко профильные знания ….этом не должны судить домохозяйки,слесаря и ведущие теле программ. Все это поле только для специалистов….. Мнение остальных это игра …….
Я являюсь специалистом. Мою статью очень высоко оценили многие коллеги. На учёном совете в Институте Молекулярной Биологии в Москве выступил очень известный иммунолог и рекомендовал всем сотрудникам института ознакомится с моей статье. Он сказал что это очень взвешенная и грамотная статья.
Скажите, пожалуйста, если мы поставили Эпивак 8 и 29 декабря, КП=12, можно уже оставить Спутник? не навредим мы себе двойной вакцинацией? Могут эти вакцины нейтрализовать друг-друга и АТ не будет?
Вакцинироваться Спутником можно в любое время. Я не представляю механизмов по которым вакцины могут нейтрализовать друг друга.
А зачем? КП=12 вроде бы считается положительным результатом.
КП-12 после ЭпиВакКороны может появляться за счёт антител к нуклеокапсидному белку или за счёт антител к His tag, который у ЭпиВакКороны сидит в химерном белке. На него могут образовываться антитела у вакцинированных, которые будут реагировать с His tag у белков в тестовой системе. Короче КП-12 может быть суммой артефактов. Я всем рекомендую вакцинироваться Спутником.
Мы привились ЭпивакКороной более 3 недель назад, антител нет никаких! А у некоторых есть, не понимаю!
Молекулярные биологи и слепили эту безграмотную вакцину. Вы явно не иммунолог, даже если вас кто-то там и похвалил. И в Векторе с иммунологией туго. Вектор создавали совсем для других дел.
Типичная совковая история: начальство (в лице А.Ю. Поповой) — соавтор патента. Не надо никому объяснять, почему ее включили? Лужкова включали в научные статьи, и он слыл специалистом по фотодинамической терапии рака!
[…] несколько парафразов и комментариев от себя:Статья 1«ЭпиВакКорона»: что мы знаем и чего не знаемот молекулярного биолога Ольги Матвеевой (США)Очень […]
Можно ли после вакцинации Эпивак, КП=12, через месяц поставить Спутник? Будет ли защита? не нейтрализуют ли вакцины друг-друга?
Можно. Защита будет от Спутника.
Ольга, извините, что спрашиваю не совсем по теме. Переболел ковидом в декабре, антитела IgG поднялись до 7 и дальше не выросли, прошло 2 месяца. Стоит ли вакцинироваться?
Да!
[…] https://trv-science.ru/2021/02/epivakkorona-chto-my-znaem-i-chego-ne-znaem/ […]
Забавно. Цитирую: «В интервью СМИ разработчики сообщают, что пептиды «ЭпиВакКороны» содержат В-клеточные эпитопы. Однако вышеописанные работы показывают, что шесть пептидов, описанных в патенте, расположены во фрагментах шиповидного белка, которые практически невидимы для иммунной системы человека, не могут являться В-клеточными эпитопами и не могут провоцировать производство нейтрализующих антител.»
Открываем ссылку автора [11]: https://www.nature.com/articles/s41423-020-00523-5
Находим эпитоп S-105 (625-642), соответствующий пептиду № 5 (626-644). Читаем про него: «…S1–105… exhibited potent neutralizing activity, with virus infection inhibitory efficiencies of 51%, 35%, and 35% at 8.3, 10.4, and 21 μg/mL, respectively». Переводим: «эпитоп S1–105 показал значительную нейтрализующую активность с эффективностью ингибирования вирусной инфекции 51%, 35% и 35%»… при разных концентрациях. Спрашиваем тогда, зачем автор лжёт? Зачем?!
Или я чего-то не понимаю?
Eugene, молекулярный биолог.
Если вы посмотрите другие приведенные работы, то там вы не увидите ничего похожего, связанного с этим эпитопом. Возможно, роль играет способ иммобилизации пептидов на подложку — в разных работах это делали несколько по-разному, но это не столь принципиально.
Вы не вполне правильно прочитали и привели текст работы, конкретно к S-105 относятся показатели 35% и 10.4 мкг/мл, что отнюдь не является «значительной» нейтрализующей активностью при весьма высокой концентрации (например, в этой https://www.nature.com/articles/s41392-021-00478-7 работе вы можете увидеть, что медианная концентрация общих антиRBD IgG составляет 16,5 мкг/мл, а тут 10.4 мкг/мл антител строго к одному эпитопу). Также для реакции нейтрализации использовали псевдовирус, тогда как в двух других работах с РН использовали SARS-CoV-2 (в одной дополнительно брали лентивирус со спайком) — это тоже могло исказить результаты.
Идем дальше: суть всех этих работ в некотором роде обратна сути ЭпиВакКороны — из сывороток реконвалесцентов пытались вытащить антитела, специфичные к линейным эпитопам. Иммунизация полноразмерным антигеном, видимо, иногда может приводить к связыванию полученных антител с линейными пептидами-фрагментами белка, однако это не означает, что иммунизация линейными пептидами будет приводить к формированию антител, связывающих полноразмерный белок в нативном состоянии, имеющий конформацию. Да еще и олигомеризованный. Вся существующая на сегодняшний день база информации на эту тему свидетельствует как раз об обратном, и такие антитела могут связывать разве что денатурированный белок в каком-нибудь SDS-PAGE, а не нативный антиген на поверхности вириона.
Впрочем, это все лирика, и распинался я совершенно напрасно по простой причине: этот пептид вообще в итоговую композицию не вошел. Туда вошли пептиды S1 454-477, S2 1181-1202 и S2 1191-1211 ( патент на финальную композицию: https://clck.ru/TUZbb ). Смешной бонус: в аа 1194 полноразмерного белка находится сайт гликозилирования. ;)
«Вы не вполне правильно прочитали и привели текст работы, конкретно к S-105 относятся показатели 35% и 10.4 мкг/мл, что отнюдь не является «значительной» нейтрализующей активностью при весьма высокой концентрации…»
Я вполне правильно прочитал текст работы и «potent neutralizing activity» — это именно potent neutralizing activity («мощная нейтрализующая активность»). Если вы не согласны с этим утверждением, то обратитесь к авторам работы, которых я цитирую. Дословно цитирую и правильно читаю. Более того, в этой работе озвученный эпитоп показал вторую по силе нейтрализующую активность. Потому вы можете критиковать работу, вполне возможно, заслуженно, но указывать мне на «неправильное чтение и перевод» не должны, согласны?
Остальное — теория, с которой я знаком, но к сути моего комментария отношения она не имеет. Сработает или нет «ЭпиВакКорона», мы не знаем, может и нет, а любая иммунизация пептидами и последующая специфичность антител имеют свои сложности и ограничения. Важно лишь то, что не все выбранные пептиды (по крайней мере из представленных в первоначальном патенте) «заранее нерабочие», это утверждение Ольги Матвеевой в статье ложное. Об этом я и написал.
Нет, вы неверно прочитали, привели и перевели текст статьи, и слово potent не имеет к этому отношения. В тексте приведены три пептида и к ним три значения, вы привели один пептид и к нему три значения, сопроводив комментарием, что все три показателя относятся к нему. Это не так. В статье написано следующее:
Surprisingly, the antibodies against three epitopes, i.e., S1–93, S1–105, and S2–78, exhibited potent neutralizing activity, with virus infection inhibitory efficiencies of 51%, 35%, and 35% at 8.3, 10.4, and 21 μg/mL, respectively;
что означает, что антитела к S1-105 проявляли нейтрализующую активность против псевдовируса с эффективностью 35% при (на самом деле очень высокой) концентрации 10.4 мкг/мл. То, что каждому пептиду соответствует по одному из приведенных значений, довольно очевидно из уменьшающихся значений эффективности при увеличивающихся концентрациях (51% нейтрализации при 8.3 мкг/мл и 35% при 10.4 и 21 мкг/мл антител к одному и тому же участку — это абсурд).
Слово potent про 35% оставим на совести авторов, особенно учитывая конскую концентрацию антител.
Смотрим мой текст: («эпитоп S1–105 показал значительную нейтрализующую активность с эффективностью ингибирования вирусной инфекции 51%, 35% и 35%»… при разных концентрациях). Где в этом куске мой комментарий, что «все три показателя относятся к нему (одному пептиду).» Нигде, хотя допускаю, что можно так подумать. Но это не так. Вы неправильно прочитали и перевели себе мой текст. Я вообще на цифры внимания в этом случае не собирался обращать, потому привёл их в виде куска, а концентрации и прочие эпитопы сократил.
Что то я хотел показать этим отрывком, надеюсь вам понятно? Что а) эпитоп проверяли. б) он иммунногенен. в) имеет значительную вирус-ингибирующую активность (вашу её трактовку оставим на вашей совести — публикуйтесь, пишите авторам, тогда процитирую и вас). Все три пункта прямо противоречат утверждениям Ольги Матвеевой в статье. Что очевидно.
Потому у меня и возник резонный вопрос: почему автор противоречит собственным ссылкам? Это невнимательность или позиция?
Ваши же комментарии к этим важным вопросам не относятся, они о вас, о том, как вы бы перевели текст цитаты лучше, да и написали статью тоже лучше авторов. Что ж, может быть! :)
Смотрим ваш текст.
«Переводим: «эпитоп S1–105 показал значительную нейтрализующую активность с эффективностью ингибирования вирусной инфекции 51%, 35% и 35%»… при разных концентрациях.»
Эпитоп показал нейтрализующую активность с эффективностью 51, 35 и 35% при разных концентрациях.
Meanwhile в оригинальном тексте статьи:
«S1–93, S1–105 и S2–78 показали значительную нейтрализующую активность с эффективностями 51, 35 и 35% в концентрациях 8.3, 10.4 и 21 мкг/мл соответственно».
Три эпитопа показали три разных значения эффективности нейтрализации каждый при своей концентрации.
Дальнейшие комментарии на этот счет считаю бессмысленными, тут все довольно очевидно.
Про себя я ничего не писал, равно как и на авторов особо не наезжал — написали potent и написали, статья от этого хуже не стала. А перевели суть предложения вы неправильно, уж не знаю, намеренно ли исказили или случайно, и спорить с этим глупо. Более того, вы привели это предложение на языке оригинала именно в том виде, в котором правильный перевод из него нельзя вытащить, а потом стали меня обвинять в том, что я не так читаю.
Кстати, довольно забавно, что для вас слово potent говорит больше, чем количественные показатели, которые по соседству указаны.
Так что, показал указанный мной эпитоп ингибирующую активность? Показал. Авторы оценили её как высокую? Да, и среди тестированных пептидов она именно такая. Я на это Ольге Матвеевой указал. А вы тогда о чём? Ни о чём. Так, словоблудите. Всё очевидно.
Да-да, это именно вы прицепились не к сути комментария, а к ерунде. Намеренно, уж не знаю, игнорируя смысл комментария или просто по недомыслию и желанию себя показать. Как пример тут неуместные и неудачные попытки «рассказать», как действуют пептиды при иммунизации. Это вообще ответ на что? Ни на что. Просто так никому не нужный поток мыслей с вашей стороны. Как и все последующие излияния. Хочется поделиться знаниями? Не с кем поговорить? Пишите больше статей! Хоть сюда в газету. Переводите чужие, если своих нет — вы же можете, я вижу! А приставать ко мне не надо.
Да, довольно забавно, что для меня важней выводы авторов публикации, а не ваше мнение о них. Цифры я оценил сам, но с авторами не спорю. Потому как кто они — известно — учёные специалисты, они опубликовались. Хочешь поспорить — публикуйся и ты! Вы поспорить хотите. А вы кто? Здесь — анонимный никто, не давший пока никакого повода заподозрить у себя в этой области высокую квалификацию. Извините.
Этот пептид не используется в ЭпиВакКороне, хотя есть среди пептидов, которые я перечислила. Вы правы в этом. Пептид только рассматривался как кандидат, но он был забракован в дальнейшем. То, что пептида нет в финальной композиции показывает публикация патента, которую я не успела процитировать. Патент называется “Вакцинная композиция против коронавирусной инфекции covid-19” https://findpatent.ru/patent/274/2743595.html Цитата из патента:
Первый пептид (п. 1): CRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS (0454-0477), (SEQ ID NO: 1);
Второй пептид (п. 2): CKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQE (1179-1200), (SEQ ID NO: 2);
Третий пептид (п. 3): CKNLNESLIDLQELGKYEQYIK (1189-1209), (SEQ ID NO: 3)
https://findpatent.ru/patent/274/2743595.html
© , 2012-2021
Спасибо за ответ!
Мутно как-то с этим «Вектором».
Я никак не могу понять, double blind studies with placebo не проводили и не будут?
А нафиг эта «вакцина» тогда нужна? Кто ей верить должен?
Главный вопрос — когда апдейтят Спутник, чтобы и южноафриканца борол.
А так, говорят, анти-астматические средства на основе будесонида снижают вероятность попадания в больницу в ковидом в 10 (!) раз.
вот не зря все американские спортсмены «астматики»!
В финальную композицию ЭпиВакКороны вошло три пептида. Это известно из новой версии патента. Патент называется “Вакцинная композиция против коронавирусной инфекции covid-19” https://findpatent.ru/patent/274/2743595.html Цитата из патента:
Первый пептид (п. 1): CRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS (0454-0477), (SEQ ID NO: 1);
Второй пептид (п. 2): CKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQE (1179-1200), (SEQ ID NO: 2);
Третий пептид (п. 3): CKNLNESLIDLQELGKYEQYIK (1189-1209), (SEQ ID NO: 3)
https://findpatent.ru/patent/274/2743595.html
© , 2012-2021
А вот что там за белок, интересно. Если у меня аллергия на вакцины с использованием куриного белка, то каков риск аллергии от этой вакцины? Кто-нибудь знает, что за белок? А вдруг там человеческий абортированный материал используется?