Биоинформатики: происхождение и жизненный цикл

13К пред­но­во­год­не­му номе­ру Кон­стан­тин Попа­дьин, канд. биол. наук, н. с. кафед­ры меди­цин­ской гене­ти­ки и раз­ви­тия меди­цин­ско­го факуль­те­та Женев­ско­го уни­вер­си­те­та (Швей­ца­рия), н. с. ИППИ РАН, под­го­то­вил доклад, кото­рый, без сомне­ния, помо­жет школь­ни­кам и аспи­ран­там опре­де­лить­ся в выбо­ре един­ствен­но вер­ной про­фес­сии — био­ин­фор­ма­ти­ки.

Меня часто спра­ши­ва­ют: «Кто такие био­ин­фор­ма­ти­ки и чем они зани­ма­ют­ся?» Мне изряд­но надо­е­ло каж­дый раз при­ду­мы­вать ответ на ходу, и я решил изло­жить суть дела на бума­ге, раз и навсе­гда удо­вле­тво­рив всех любо­пыт­ству­ю­щих.

Да, я не раз стал­ки­вал­ся с био­ин­фор­ма­ти­ка­ми! Ино­гда мне даже улы­ба­лось сча­стье наблю­дать их в непо­сред­ствен­ной бли­зо­сти – чуть ли не на рас­сто­я­нии вытя­ну­той руки. На пер­вый взгляд они кажут­ся очень раз­ны­ми – это как если смот­реть на бабо­чек, пор­ха­ю­щих на цве­ту­щем лугу: все раз­но­го цве­та и раз­но­го раз­ме­ра; неко­то­рых лег­ко пой­мать, а дру­гих слож­но; неко­то­рые лета­ют быст­ро и бес­шум­но, а дру­гие мед­лен­но и немно­го поскри­пы­ва­ют от тре­ния кры­льев. Но, когда начи­на­ешь их срав­ни­вать, напри­мер с куз­не­чи­ка­ми, пони­ма­ешь, что даже у био­ин­фор­ма­ти­ков есть кое-что общее…

Итак, био­ин­фор­ма­тик – это мужик (за ред­ким исклю­че­ни­ем). Боро­да­тый такой, в очках и с сото­вым теле­фо­ном (боль­шим, чер­ным и с зеле­ным экра­ном), гля­дя на кото­рый школь­ни­ки млад­ших клас­сов дол­го спо­рят – что же это такое? При­чем вер­сия «сото­вый теле­фон» даже и не выдви­га­ет­ся.

Путь био­ин­фор­ма­ти­ка сло­жен и ирра­ци­о­на­лен, поэто­му каж­дый био­ин­фор­ма­тик может пове­дать свою уни­каль­ную исто­рию паде­ний и взле­тов, если его как сле­ду­ет накор­мить. Стать бион­фор­ма­ти­ком по соб­ствен­но­му жела­нию нель­зя, так как Про­фес­сия выби­ра­ет сво­их жертв, а не наобо­рот. Одна­ко мож­но немно­го умень­шить или уве­ли­чить шан­сы того, что вас выбе­рут.

13.1

Если, напри­мер, на био­хи­ми­че­ской прак­ти­ке био­ло­ги­че­ско­го факуль­те­та вы выде­ли­ли белок, кото­рый в уни­вер­си­те­те из поко­ле­ния в поко­ле­ние пока­зы­ва­ют в виде образ­ца, или если в чаш­ке Пет­ри у вас рас­тут бак­те­рии «как на дрож­жах» – не быть вам био­ин­фор­ма­ти­ком. Если же у вас сдох­ли все под­опыт­ные объ­ек­ты до защи­ты кур­со­вой, а не после (как у всех), то шан­сы ста­ти­сти­че­ски зна­чи­мо уве­ли­чи­ва­ют­ся.

Дрож­жи, дро­зо­фи­лы, даф­нии, бак­те­рии, тиг­ры, плаз­ми­ды, крас­ные вол­ки и транс­по­зо­ны, сини­цы боль­шие и малые, каша­ло­ты и фиб­роб­ла­сты – объ­ект не важен – у био­ин­фор­ма­ти­ков дох­нут все! Ино­гда био­ин­фор­ма­ти­ки видо­об­ра­зу­ют­ся из мате­ма­ти­ков, но это ничем не луч­ше, а даже наобо­рот. Не имея пла­чев­но­го дет­ско­го опы­та с хомяч­ка­ми и попу­гай­чи­ка­ми и пла­чев­но­го сту­ден­че­ско­го опы­та с бак­те­ри­я­ми и плаз­ми­да­ми, они с остер­ве­не­лы­ми уси­ли­я­ми ста­ра­ют­ся «навер­стать упу­щен­ное». И это им уда­ет­ся! Пото­му что био­ин­фор­ма­тик – это при­зва­ние.
Отклю­чив несколь­ко раз холо­диль­ник с замо­ро­жен­ны­ми про­ба­ми и реак­ти­ва­ми в поис­ках розет­ки для под­за­ряд­ки теле­фо­на, про­спав защи­ту дипло­ма из-за того, что «теле­фон все-таки сел и не раз­бу­дил», буду­щий био­ин­фор­ма­тик все­рьез заду­мы­ва­ет­ся над сво­ей жиз­нью.

Для про­дол­же­ния жиз­нен­но­го цик­ла в этот момент крайне необ­хо­ди­мо (i) не купить дру­гой теле­фон и (ii) встре­тить уже зако­ре­не­ло­го био­ин­фор­ма­ти­ка. Если тако­вой встре­ча­ет­ся, он гово­рит: «Кол­ле­га, хва­тит зани­мать­ся ерун­дой! Вот тебе книж­ка – Perl для чай­ни­ков, и впе­ред, ну а если будут вопро­сы – зво­ни…» Юный био­ин­фор­ма­тик бро­са­ет взгляд на теле­фон зако­ре­не­ло­го, и – о чудо! – у него про­яс­ня­ет­ся взор, а в гла­зах заго­ра­ет­ся ого­нек надеж­ды. Точ­но такой же!!! В наро­де в подоб­ные момен­ты гово­рят: «Родил­ся малень­кий мили­ци­о­нер». После осо­зна­ния это­го зна­ме­ния юный био­ин­фор­ма­тик с дро­жа­щи­ми рука­ми и бла­го­го­ве­ни­ем садит­ся за ком­пью­тер и про­бу­ет на зуб новую сте­зю.

Гово­рят, у маль­ков щуки есть все­го лишь несколь­ко брос­ков, что­бы пой­мать что-то съе­доб­ное и выжить, а неудач­ная пер­вая охо­та моло­до­го вол­ка остав­ля­ет нега­тив­ный отпе­ча­ток на всю его жизнь. Посколь­ку био­ин­фор­ма­тик уже бро­сил мок­рую био­ло­гию (или мате­ма­ти­ку, физи­ку, химию), укус новой сте­зи дол­жен быть не шуточ­ным, ина­че в пол­ный рост вста­нет угро­за закон­чить свою жизнь на баль­ных тан­цах, где все­гда рады маль­чи­кам, даже боро­да­тым. И в этот пере­лом­ный момент ста­нов­ле­ния лич­но­сти био­ин­фор­ма­ти­ка он пони­ма­ет, что и ком­пью­те­ра ока­зы­ва­ет­ся предо­ста­точ­но!

Про­ис­хож­де­ние жиз­ни на Зем­ле, РНК и ДНК, эука­ри­о­ты, как­ту­сы, дино­зав­ры и крас­ные вол­ки, вред­ные мута­ции и полез­ные, видо­об­ра­зо­ва­ние и выми­ра­ние – всё теперь ста­ло как-то бли­же и чет­че, неже­ли через приз­му про­бир­ки. Это как если ты пол­жиз­ни про­хо­дил бли­зо­ру­ким и вдруг надел очки. Теперь ты видишь, что трам­вай, на кото­ром ты едешь в уни­вер­си­тет, не 00, а 33 (все­гда удив­лял­ся стран­но­му номе­ру – 00), а девуш­ка, кото­рая водит этот трам­вай, совсем не девуш­ка, а даже наобо­рот.

С телом тоже про­ис­хо­дят стран­ные вещи – ноги ста­ли как-то длин­нее, а на паль­цах ног появи­лись волос­ки, как у хоб­би­та како­го… На тем­ных дос­ках в уни­вер­си­те­те теперь вид­но мно­го все­го непо­нят­но­го. В общем, жизнь ста­ла пол­на мел­ких дета­лей, и изго­ло­дав­ший­ся мозг – с такой-то каче­ствен­ной гра­фи­кой – стал полу­чать намно­го боль­ше инфор­ма­ции. Но не будем отвле­кать­ся, ведь очки – это лишь мета­фо­ра.

Итак, рабо­та пошла! Под паль­ца­ми (под паль­ца­ми рук!) наше­го ново­ис­пе­чен­но­го и уже про­зрев­ше­го био­ин­фор­ма­ти­ка каж­дые пол­ча­са вста­ют и рушат­ся циви­ли­за­ции: нако­нец-то – лекар­ство от ста­ро­сти! Дино­зав­ры вымер­ли, пото­му что нако­пи­ли слиш­ком мно­го вред­ных мута­ций! Сред­няя дли­на интро­нов у птиц обрат­но кор­ре­ли­ру­ет со ско­ро­стью их поле­та! Мута­ция пар­те­но­ге­не­за даф­ний рас­про­стра­ня­ет­ся с севе­ра на юг со всё уско­ря­ю­щим­ся тем­пом и очень стран­но, но ста­ти­сти­че­ски досто­вер­но кор­ре­ли­ру­ет со сред­ним коли­че­ством детей на семью чело­ве­ка…

И вот био­ин­фор­ма­тик уже мур­лы­ка­ет себе под нос: «Я мега­монстр, я супервун­дер­кинд, я пове­ли­тель мира». И толь­ко лету­чие мыши не согла­ша­ют­ся под­твер­ждать ника­кие кор­ре­ля­ции: и живут они доль­ше, чем им поло­же­но, и сколь­ко им поло­же­но – не ясно, и гено­мы их слиш­ком похо­жи на пти­чьи. С ними что-то не чисто… С каж­дым днем наш био­ин­фор­ма­тик мате­ре­ет и всё мень­ше верит про­пис­ным исти­нам, всё ста­вит под сомне­ние, а его мыс­ли всё сме­лее и сме­лее: «воз­мож­но, лету­чие мыши – это про­сто-напро­сто пти­цы… »

Как пра­ви­ло, мысль, кото­рую дума­ет био­ин­фор­ма­тик, нахо­дит отра­же­ние в его внеш­нем обли­ке, поэто­му опыт­ные люди заме­ча­ют био­ин­фор­ма­ти­ков на глаз. В наро­де про таких гово­рят: «Внеш­ность, обез­об­ра­жен­ная интел­лек­том». Но мало кто зна­ет, что это сото­вый теле­фон оття­ги­ва­ет кар­ман их пиджа­ка.

Мысль сама по себе нико­гда не исче­за­ет из голо­вы био­ин­фор­ма­ти­ка. Если она пра­виль­ная, то что­бы ее забыть, ее нуж­но обя­за­тель­но опуб­ли­ко­вать. Быва­ет, что мысль непра­виль­ная, но и в этом слу­чае ее надо пуб­ли­ко­вать – ведь каж­дая мысль био­ин­фор­ма­ти­ка цен­на и непо­вто­ри­ма: никто не может повто­рить мысль кро­ме авто­ра этой мыс­ли. Ино­гда и авто­рам это­го не уда­ет­ся. Тогда в наро­де гово­рят: «Мысль уле­те­ла». И мили­ци­о­не­рам повы­ша­ют зар­пла­ту.

И нет ему покоя, пока в ком­пью­те­ре есть нере­шен­ные зада­чи, а в голо­ве – мыс­ли, и муча­ет его тос­ка, что жизнь корот­ка, а столь­ко все­го теперь мож­но сде­лать. Теперь! Когда у тебя на паль­цах ног появи­лись волос­ки! Но всё же изред­ка, когда надо под­за­ря­дить сото­вый и рядом не нахо­дит­ся сво­бод­ных розе­ток, холо­диль­ни­ков или супер­ком­пью­те­ров, био­ин­фор­ма­тик вынуж­ден выклю­чить свой люби­мый ком­пью­тер и ста­вить заря­жать­ся свой напрочь «сдох­ший» сото­вый. И теперь у него есть несколь­ко суток, что­бы пре­кло­нить свою устав­шую голо­ву на пле­чах кол­лег и набрать­ся сил, посколь­ку впе­ре­ди у него будет очень длин­ный день…

Если вы нашли ошиб­ку, пожа­луй­ста, выде­ли­те фраг­мент тек­ста и нажми­те Ctrl+Enter.

Связанные статьи

Оценить: 
Звёзд: 1Звёзд: 2Звёзд: 3Звёзд: 4Звёзд: 5 (Пока оценок нет)
Загрузка...
 
 

Метки: , , , , , , ,

 

5 комментариев

  • Леонид:

    Кол­ле­га ува­жа­е­мый (при­но­шу изв, я пока-что в мате­ма­ти­ке ещё – Л.)!
    «Мили­ца­не­ры» (При­гов, к несча­стью, покой­ный, – копи­райт) тоже нуж­ны, но необ­хо­ди­мо – чест­ные мен­ты, как в «Ули­це раз­би­тых фона­рей» у Киви­но­ва.
    Это – пер­вое. Вто­рое. Про­шу крат­ко ото­звать­ся о ср недав­ней кни­ге:
    М. Боро­дов­ский, С.Екишева. Зада­чи и реше­ния по ана­ли­зу био­ло­гич после­до­ва­тель­но­стей. М. – Ижевск: НИЦ «Регу­ляр­ная и хао­ти­че­ская динамика(РХД – Л.)», Инсти­тут ком­пью­тер­ных иссле­до­ва­ний, 2008: задач­ник – решеб­ник за Дур­би­ным энд ко (издан там же, но на два года ранее на рус­ском).
    Зна­е­те ли Вы лич­но этих чел«ов: Мар­ка Боро­дов­ско­го (бывш физ­тех) и Свет­ла­ну Еки­ше­ву? Зна­е­те ли лич­но Джо­зе­фа (в честь И. Джу­га­шви­ли – роди­те­ля­ми-ком­му­ни­ста­ми) Фель­зен­штей­на, кажет­ся, 43-го г.р.?
    Сей­час дол­баю, как гово­рят мате­ма­ти­ки, 7-ю гла­ву о фило­ге­не­тич дере­вьях Б. – Е., нашёл для себя нема­ло позна­ва­тель­но­го, но кое-что (без кода Хан­са Прю­фе­ра в сти­ле покой­но­го Фрэн­ка Хара­ри и его кол­ле­ги Мов­шо­ви­ча) умею делать про­ще. И даже докла­ды­вал и рас­ска­зы­вал покой­но­му проф Пье­ру Леру (Pierre Leroux -Мон­ре­аль) на кон­фе­рен­ции «Фор­маль­ные сте­пен­ные ряды и алгеб­ра­и­че­ская комбинаторика»(Москва, МГУ, 26 – 30 июня 2000г.) Скры­той и явной рекла­иой (ук кни­ги, само- и пр.) про­шу не счи­тать! Рас­счит­вы­аю на Ваше ком­пе­тент­ное суж­де­ние о кни­ге и об её авто­рах.
    Ува­жа­ю­щий Вас, Л. 02–03.01.2014.

  • Konstantin:

    Лео­нид, я не чита­тель – я писа­тель. Кни­гу эту не видел и с авто­ра­ми не зна­ком.

    Изви­ни­те, что не помог.

    Кон­стан­тин

  • Леонид:

    Спа­си­бо!
    Отриц рез-т – тоже…!
    «Чук­чей» так­же весь­ма ува­жаю по делам их, кр м.б., кн Абр – Чел­сий­ска­го и рядом гр Прохорово-Курш-Сестринскаго(-Безмобильнаго). Впро­чем, пусть себе отды­ха­ют, к ним прось­ба одна – не бес­по­ко­ить­ся (в част­но­сти, о точ­ных зна­ни­ях, как и ранее)!

  • доктор Брейн:

    Если чест­но, не совсем понял про мили­ци­о­не­ров. И еще пара вопро­сов:
    1) Био­ин­фор­ма­ти­ки полу­ча­ют­ся толь­ко из био­ло­гов и мате­ма­ти­ков? Или у кул­хац­ке­ров тоже есть шанс?
    2) Обя­за­тель­но нужен Perl? А Delphi, не подой­дет?

    • Konstantin:

      Про мил­ли­ци­о­не­ров я и сам не понял – это види­мо стёб какой-то неуме­лый.

      Кул­хац­кер – пока­тит.

      Как меня учи­ли паца­ны в песоч­ни­це – на любом язы­ке мож­но делать все что угод­но, про­сто perl или python удоб­нее для рабо­ты с гена­ми, да и про­ще для изу­че­ния (с точ­ки зре­ния био­ло­га).

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Недопустимы спам, оскорбления. Желательно подписываться реальным именем. Аватары - через gravatar.com