Новый метод уточнения статистики заражений SARS-CoV-2

Ирина Якутенко
Ирина Якутенко

В Nature Communications вышла очень интересная работа [1] группы биоинформатиков, которые научились предсказывать истинное число заразившихся SARS-CoV-2, ориентируясь только на данные расшифрованных геномов, которые во множестве выкладываются в открытые базы. То есть буквально глядя на буковки A, U, G и C, из которых составлены РНК-геномы коронавируса, ученые могут сказать: скажем, в Дании явно болело в 1,5 раза больше народу, чем зарегистрировано в официальной статистике.

Идея инструмента GINPipe проста до гениальности. Мы знаем, сколько примерно времени коронавирус проводит в организме человека до момента, пока тот заразит следующего (примерно 3–5 дней). С другой стороны, мы знаем, как быстро накапливаются мутации при размножении вирусных геномов, — с разными оговорками, это примерно постоянная величина. А значит, степень отличия геномов, выкладываемых в базы, должна коррелировать с общим числом людей, болеющих прямо сейчас. Чем их больше, тем больше будет отличий, и наоборот.

GINPipe загружает из баз данных все недавние геномы, каждый из которых имеет штампик о времени взятия образца, сравнивает их между собой, определяет количество отличий и выводит на основании этих данных размер популяции, в которой вирус размножался, чтобы накопить столько отличий. Ученые протестировали свой инструмент на реальных данных из разных стран, смогли восстановить динамику заболеваний в прошедшие месяцы и даже обнаружили несколько «микроволн», не отраженных в реальной статистике.

Это исследование особенно актуально в связи с повсеместным использованием быстрых антиген-тестов. В России они всё еще в новинку: в соцсетях уже много дней идет буча из-за решения наконец внедрить их в школы — практика, успешно используемая в Европе с конца лета, — но очевидно, что чем дальше, тем больше они будут вытеснять ПЦР. Антиген-тесты позволяют получить результат за несколько минут и, хотя они обладают меньшей чувствительностью, при регулярном использовании позволяют выявлять значительную часть всех зараженных. Ну и плюс они выявляют тех, кто заразен прямо сейчас, что важно при тестировании людей, приходящих на какое-нибудь мероприятие. Но зато с антиген-тестами сложнее наладить оповещение о положительных результатах: условно, человек купил такой тест — в Германии, например, они стоят около 1,5–3 евро и продаются в супермаркетах, — увидел положительный результат, остался дома на несколько дней, но не сообщил о нем властям, потому что не хочет сидеть в карантине. Это плохо, но, будем реалистами, так делают многие. Предложенный в новой работе инструмент позволяет определять реальное число переболевших даже при наличии такого постоянного источника утечек.

Ирина Якутенко

Текст был опубликован в «Фейсбуке»:
facebook.com/irina.yakutenko/posts/10159460005999800

1. Smith, M.R., Trofimova, M., Weber, A. et al. Rapid incidence estimation from SARS-CoV-2 genomes reveals decreased case detection in Europe during summer 2020 // Nature Communications 12, 6009 (2021). (doi.org/10.1038/s41467-021-26267-y)

Подписаться
Уведомление о
guest

123 Комментария(-ев)
Встроенные отзывы
Посмотреть все комментарии
Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад

Креативнее надо подходить к прививкам!
https://www.youtube.com/watch?v=9zcu8lqA1Yc

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч

Предпочтительнее, имхо, указанная Вами выше (и неоднократно, будем точными! — Л.К.) условно называемая так «японская креативность»:
https://fbm.ru/novosti/science/v-japonii-dostigli-nulevoj-smertnosti-ot-covid-19-pri-chem-zdes-ivermektin.html
Л.К.
Не пора ли повернуться лицом к опыту «страны Восходящего Солнца»? (ритор вопр)
Чем морочить себя несбыточными «вакцинальными » иллюзиями?
К.

Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Леонид Коганов

вот мне нравятся японцы.
пфайзеру они говорят, что официально они ивермектин никогда не рекомендовали
но косоглазые не запрещают врачам на местах использовать ивермектин.
результат как говорится на лице.

а вот последние исследования из Норвегии.
прививки не уменьшают смертность от короны от слова вообще
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.21265958v1
 We observed no difference in the LoS for patients not admitted to ICU, nor odds of in-hospital death between vaccinated and unvaccinated patients.

Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Леонид Коганов
1.2.3
1.2.3
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч

Понятна причина борьбы КПРФ против QR-кодов. Дело в том, что в ГУЛАГе пилили коммунисты, а в электронном концлагере — программисты

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч
Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Леонид Коганов

не удивительно.
вирус научился обманывать ПЦР тесты
https://www.news-medical.net/news/20211115/Standard-PCR-tests-do-not-pick-up-new-Covid-strains-warns-expert.aspx
тут даже компартия бессильна
Это чудо-вирус!

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад

https://www.mk.ru/politics/2021/11/15/gosduma-rassmotrit-zakonoproekty-o-qrkodakh-v-pervom-chtenii-v-seredine-dekabrya.html
Благополучно заволокичено, имхо.
Ч.т.д. = (кто забыл) что и требовалось доказать!
Л.К.

1.2.3
1.2.3
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Леонид Коганов

Согласен, но не совсем. Дело в том, что при принятии этого закона в течение двух суток в трех чтениях придется не только посылать не имеющие 90 мандатов пару фракций, но и ломать собственную. Зачем? Тем более, что вопросы гражданских больных и вакцинированных иностранными вакцинами, а также не подлежащих вакцинации/ ревакцинации ввиду высокого уровня титров надо решать спокойно.

1.2.3
1.2.3
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  1.2.3

А сколько веселых развлечений у народа!

  1. Что делать с Кудряшовым?
  2. Кто съел саратовскую лосятину?
  3. Дадут ли Бондаренко пять суток, чтобы приковать к горячей батарее и привить?
  4. Не говорю про 25 ноября…
  5. И вот на этом месте содержательные замечания по законопроекту…
Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад

очень интересная статья вышла в PLOS Биология
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002198
Короче, если вакцина на останавливает распространение вируса, а только уменьшает тяжесть болезни привитых, то это может крайне плохо кончиться.
в результате вирус «звереет»: побеждают наиболее смертельные мутации вируса, которые приводят к тяжёлым заболеваниям привитых и в то же время убивают непривитых.

1.2.3
1.2.3
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч

И как так с корью не получилось?

Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  1.2.3

Привитой человек при наличии или при отсутствии реакций на прививку против кори (краснухи, паротита) в любом случае не заразен окружающим.
а вот привитый от короны легко может быть разносчиком инфекции.
корона попадает в носоглотку, а там вакцина не создаёт вообще никаких антител.

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад

Ирландия, привито 75% населения, больше чем кто-либо в Европе.
Вводит комендантский час.
Американский CDC официально признал, что даже если будут привиты все поголовно, эпидемию это не остановит.
С другой стороны, народ мрёт от Файзера как мухи.
В основном Файзер бьёт по сердцу, сосудам и центральной нервной системе.
Один из 6.000 получает воспаление сердечной мышцы с известными последствиями.
Вроде как прививки уменьшают госпитализацию и смерть от ковида.
Общая смертность среди привитых в 2-3 раза выше, чем у непривитых
Шикарный баланс.

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч

https://ria-ru.turbopages.org/ria.ru/s/20211116/izolyatsiya-1759246094.html
Плевать на америкософфский CDC, у нас «своя наука» — типа номенклатурная!
Л.К.

Последняя редакция 10 месяцев(-а) назад от Леонид Коганов
Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Пал Палыч

https://ria.ru/20211117/popova-1759525567.html
«Колеблется вместе с линией…??»
Но амплитуда имеет тенденцию переходить разумные границы.
Впрочем, это ныне по части спикера ГД — см. ниже. Он нам всё заранее раз’яснил. Имхо.
Л.К.

Пал Палыч
Пал Палыч
10 месяцев(-а) назад
В ответ на:  Леонид Коганов

Экспериментирует девушка.
Над нами.

Леонид Коганов
Леонид Коганов
10 месяцев(-а) назад

https://www.mk.ru/politics/2021/11/17/v-gosdumu-budut-puskat-po-qrkodam.html
Лозунг Перестройки — в (био-? не могу знать! но оченно хочу — Л.К.) — массы!
Л.К.
Испытание на себе — залог правильного действия любой вакцыны (правописание — по д-ру Чехонтэ) и сопутствующих «мероприятий»: сначала — на себе, затем «на кошечках», а если и опосля не уймутся (что вряд ли), то — на номенклатурных «параллельщикахх».
А мы посмотрим, как пойдёт.
К.

Оценить: 
Звёзд: 1Звёзд: 2Звёзд: 3Звёзд: 4Звёзд: 5 (5 оценок, среднее: 4,00 из 5)
Загрузка...