Биоинформатики: происхождение и жизненный цикл

13К предновогоднему номеру Константин Попадьин, канд. биол. наук, н. с. кафедры медицинской генетики и развития медицинского факультета Женевского университета (Швейцария), н. с. ИППИ РАН, подготовил доклад, который, без сомнения, поможет школьникам и аспирантам определиться в выборе единственно верной профессии — биоинформатики.

Меня часто спрашивают: «Кто такие биоинформатики и чем они занимаются?» Мне изрядно надоело каждый раз придумывать ответ на ходу, и я решил изложить суть дела на бумаге, раз и навсегда удовлетворив всех любопытствующих.

Да, я не раз сталкивался с биоинформатиками! Иногда мне даже улыбалось счастье наблюдать их в непосредственной близости — чуть ли не на расстоянии вытянутой руки. На первый взгляд они кажутся очень разными — это как если смотреть на бабочек, порхающих на цветущем лугу: все разного цвета и разного размера; некоторых легко поймать, а других сложно; некоторые летают быстро и бесшумно, а другие медленно и немного поскрипывают от трения крыльев. Но, когда начинаешь их сравнивать, например с кузнечиками, понимаешь, что даже у биоинформатиков есть кое-что общее...

Итак, биоинформатик — это мужик (за редким исключением). Бородатый такой, в очках и с сотовым телефоном (большим, черным и с зеленым экраном), глядя на который школьники младших классов долго спорят — что же это такое? Причем версия «сотовый телефон» даже и не выдвигается.

Путь биоинформатика сложен и иррационален, поэтому каждый биоинформатик может поведать свою уникальную историю падений и взлетов, если его как следует накормить. Стать бионформатиком по собственному желанию нельзя, так как Профессия выбирает своих жертв, а не наоборот. Однако можно немного уменьшить или увеличить шансы того, что вас выберут.

13.1

Если, например, на биохимической практике биологического факультета вы выделили белок, который в университете из поколения в поколение показывают в виде образца, или если в чашке Петри у вас растут бактерии «как на дрожжах» — не быть вам биоинформатиком. Если же у вас сдохли все подопытные объекты до защиты курсовой, а не после (как у всех), то шансы статистически значимо увеличиваются.

Дрожжи, дрозофилы, дафнии, бактерии, тигры, плазмиды, красные волки и транспозоны, синицы большие и малые, кашалоты и фибробласты — объект не важен — у биоинформатиков дохнут все! Иногда биоинформатики видообразуются из математиков, но это ничем не лучше, а даже наоборот. Не имея плачевного детского опыта с хомячками и попугайчиками и плачевного студенческого опыта с бактериями и плазмидами, они с остервенелыми усилиями стараются «наверстать упущенное». И это им удается! Потому что биоинформатик — это призвание.
Отключив несколько раз холодильник с замороженными пробами и реактивами в поисках розетки для подзарядки телефона, проспав защиту диплома из-за того, что «телефон все-таки сел и не разбудил», будущий биоинформатик всерьез задумывается над своей жизнью.

Для продолжения жизненного цикла в этот момент крайне необходимо (i) не купить другой телефон и (ii) встретить уже закоренелого биоинформатика. Если таковой встречается, он говорит: «Коллега, хватит заниматься ерундой! Вот тебе книжка — Perl для чайников, и вперед, ну а если будут вопросы — звони...» Юный биоинформатик бросает взгляд на телефон закоренелого, и — о чудо! — у него проясняется взор, а в глазах загорается огонек надежды. Точно такой же!!! В народе в подобные моменты говорят: «Родился маленький милиционер». После осознания этого знамения юный биоинформатик с дрожащими руками и благоговением садится за компьютер и пробует на зуб новую стезю.

Говорят, у мальков щуки есть всего лишь несколько бросков, чтобы поймать что-то съедобное и выжить, а неудачная первая охота молодого волка оставляет негативный отпечаток на всю его жизнь. Поскольку биоинформатик уже бросил мокрую биологию (или математику, физику, химию), укус новой стези должен быть не шуточным, иначе в полный рост встанет угроза закончить свою жизнь на бальных танцах, где всегда рады мальчикам, даже бородатым. И в этот переломный момент становления личности биоинформатика он понимает, что и компьютера оказывается предостаточно!

Происхождение жизни на Земле, РНК и ДНК, эукариоты, кактусы, динозавры и красные волки, вредные мутации и полезные, видообразование и вымирание — всё теперь стало как-то ближе и четче, нежели через призму пробирки. Это как если ты полжизни проходил близоруким и вдруг надел очки. Теперь ты видишь, что трамвай, на котором ты едешь в университет, не 00, а 33 (всегда удивлялся странному номеру — 00), а девушка, которая водит этот трамвай, совсем не девушка, а даже наоборот.

С телом тоже происходят странные вещи — ноги стали как-то длиннее, а на пальцах ног появились волоски, как у хоббита какого... На темных досках в университете теперь видно много всего непонятного. В общем, жизнь стала полна мелких деталей, и изголодавшийся мозг — с такой-то качественной графикой — стал получать намного больше информации. Но не будем отвлекаться, ведь очки — это лишь метафора.

Итак, работа пошла! Под пальцами (под пальцами рук!) нашего новоиспеченного и уже прозревшего биоинформатика каждые полчаса встают и рушатся цивилизации: наконец-то — лекарство от старости! Динозавры вымерли, потому что накопили слишком много вредных мутаций! Средняя длина интронов у птиц обратно коррелирует со скоростью их полета! Мутация партеногенеза дафний распространяется с севера на юг со всё ускоряющимся темпом и очень странно, но статистически достоверно коррелирует со средним количеством детей на семью человека...

И вот биоинформатик уже мурлыкает себе под нос: «Я мегамонстр, я супервундеркинд, я повелитель мира». И только летучие мыши не соглашаются подтверждать никакие корреляции: и живут они дольше, чем им положено, и сколько им положено — не ясно, и геномы их слишком похожи на птичьи. С ними что-то не чисто... С каждым днем наш биоинформатик матереет и всё меньше верит прописным истинам, всё ставит под сомнение, а его мысли всё смелее и смелее: «возможно, летучие мыши — это просто-напросто птицы... »

Как правило, мысль, которую думает биоинформатик, находит отражение в его внешнем облике, поэтому опытные люди замечают биоинформатиков на глаз. В народе про таких говорят: «Внешность, обезображенная интеллектом». Но мало кто знает, что это сотовый телефон оттягивает карман их пиджака.

Мысль сама по себе никогда не исчезает из головы биоинформатика. Если она правильная, то чтобы ее забыть, ее нужно обязательно опубликовать. Бывает, что мысль неправильная, но и в этом случае ее надо публиковать — ведь каждая мысль биоинформатика ценна и неповторима: никто не может повторить мысль кроме автора этой мысли. Иногда и авторам этого не удается. Тогда в народе говорят: «Мысль улетела». И милиционерам повышают зарплату.

И нет ему покоя, пока в компьютере есть нерешенные задачи, а в голове — мысли, и мучает его тоска, что жизнь коротка, а столько всего теперь можно сделать. Теперь! Когда у тебя на пальцах ног появились волоски! Но всё же изредка, когда надо подзарядить сотовый и рядом не находится свободных розеток, холодильников или суперкомпьютеров, биоинформатик вынужден выключить свой любимый компьютер и ставить заряжаться свой напрочь «сдохший» сотовый. И теперь у него есть несколько суток, чтобы преклонить свою уставшую голову на плечах коллег и набраться сил, поскольку впереди у него будет очень длинный день...

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

Связанные статьи

Оценить: 
Звёзд: 1Звёзд: 2Звёзд: 3Звёзд: 4Звёзд: 5 (Пока оценок нет)
Загрузка...
 
 

Метки: , , , , , , ,

 

5 комментариев

  • Леонид:

    Коллега уважаемый (приношу изв, я пока-что в математике ещё — Л.)!

    «Милицанеры» (Пригов, к несчастью, покойный, — копирайт) тоже нужны, но необходимо — честные менты, как в «Улице разбитых фонарей» у Кивинова.

    Это — первое. Второе. Прошу кратко отозваться о ср недавней книге:

    М. Бородовский, С.Екишева. Задачи и решения по анализу биологич последовательностей. М. — Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика(РХД — Л.)», Институт компьютерных исследований, 2008: задачник — решебник за Дурбиным энд ко (издан там же, но на два года ранее на русском).

    Знаете ли Вы лично этих чел"ов: Марка Бородовского (бывш физтех) и Светлану Екишеву? Знаете ли лично Джозефа (в честь И. Джугашвили — родителями-коммунистами) Фельзенштейна, кажется, 43-го г.р.?

    Сейчас долбаю, как говорят математики, 7-ю главу о филогенетич деревьях Б. — Е., нашёл для себя немало познавательного, но кое-что (без кода Ханса Прюфера в стиле покойного Фрэнка Харари и его коллеги Мовшовича) умею делать проще. И даже докладывал и рассказывал покойному проф Пьеру Леру (Pierre Leroux -Монреаль) на конференции «Формальные степенные ряды и алгебраическая комбинаторика»(Москва, МГУ, 26 — 30 июня 2000г.) Скрытой и явной реклаиой (ук книги, само- и пр.) прошу не считать! Рассчитвыаю на Ваше компетентное суждение о книге и об её авторах.

    Уважающий Вас, Л. 02-03.01.2014.

  • Konstantin:

    Леонид, я не читатель — я писатель. Книгу эту не видел и с авторами не знаком.

    Извините, что не помог.

    Константин

  • Леонид:

    Спасибо!

    Отриц рез-т — тоже...!

    «Чукчей» также весьма уважаю по делам их, кр м.б., кн Абр — Челсийскаго и рядом гр Прохорово-Курш-Сестринскаго(-Безмобильнаго). Впрочем, пусть себе отдыхают, к ним просьба одна — не беспокоиться (в частности, о точных знаниях, как и ранее)!

  • доктор Брейн:

    Если честно, не совсем понял про милиционеров. И еще пара вопросов:

    1) Биоинформатики получаются только из биологов и математиков? Или у кулхацкеров тоже есть шанс?

    2) Обязательно нужен Perl? А Delphi, не подойдет?

    • Konstantin:

      Про миллиционеров я и сам не понял — это видимо стёб какой-то неумелый.

      Кулхацкер — покатит.

      Как меня учили пацаны в песочнице — на любом языке можно делать все что угодно, просто perl или python удобнее для работы с генами, да и проще для изучения (с точки зрения биолога).

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Недопустимы спам, оскорбления. Желательно подписываться реальным именем. Аватары - через gravatar.com